দক্ষিণেশ্বর মন্দিরে নানা অনিয়মের অভিযোগ তুলে মামলা হল হাই কোর্টে। সেবায়েত ও ভক্তদের একাংশ এই মামলা দায়ের করেছে। তাঁদের অভিযোগ, দক্ষিণেশ্বর মন্দিরে গয়না-সম্পত্তির কোনও হিসেব নেই। মন্দিরের ক্ষমতা একটা অংশ নিজের কব্জায় রেখেছে বলেও আদালতে জানিয়েছেন সেবায়েতদের একাংশ।
সেবায়েত ও ভক্তদের অভিযোগ, গেল কালীপুজোয় দক্ষিণেশ্বরে মা ভবতারিণীর উদ্দেশে কয়েক হাজার শাড়ি ও বিপুল গয়না দিয়েছিলেন ভক্তরা, তার নাকি কোনও হিসেব নেই। এছাড়া বিপুল পরিমাণ সম্পত্তিরও হিসেব পাওয়া যাচ্ছে না। রাজ্য সরকার গত কয়েক বছরে দক্ষিণেশ্বর মন্দির কর্তৃপক্ষকে বিভিন্ন খাতে উন্নতির জন্য ১৩০ কোটি টাকা দিয়েছিল। কেন্দ্রের পক্ষ থেকে ২০ কোটি টাকা দেওয়ার ঘোষণা করেছিলেন। এই টাকার নাকি হিসেব নেই বলে পিটিশনে উল্লেখ করা হয়েছে।
এর সঙ্গেই যুক্ত হয়েছে, মূল মন্দির চত্বরে নির্মিত গেস্ট হাউসের নীচে দোকান বণ্টন পদ্ধতি নিয়ে অনিয়মের অভিযোগ। মামলাকারীদের আর্জি, কেন্দ্রীয় তদন্ত এজেন্সি ইডি-কে দিয়ে এর তদন্ত করানো হোক। অথবা অবসরপ্রাপ্ত কোনও বিচারপতির নেতৃত্বাধীন কমিটি গড়ে দিক হাইকোর্ট, তাঁরা তদন্ত করে দেখুন। তাঁদের এও বক্তব্য, আদালতের রায়ে প্রায় বিশ বছর বাদে হওয়া ট্রাস্ট নির্বচনেও অনিয়ম হয়েছে। মন্দিরের পক্ষে অবশ্য দাবি করা হয়েছে, কোনও অনিয়ম হয়নি এবং সমস্ত কিছুর যথাযথ হিসেব রয়েছে।